神戶市水科學博物館（日語：神戸市水の科学博物館／こうべしみずのかがくはくぶつかん Kōbeshi mizunokagaku hakubutsukan）是日本兵庫県神戶市兵庫區的一個科學館，位於六甲山麓，德國文藝復興風格建築。該建築原名奧平野浄水場舊急速濾過場上屋，於1917年（大正6年）竣工，是神戶水道（引水管）的配套工程，開始了神戶市近代的給水事業。
1990年，由日本建築學會推動，為紀念神戶市水道給水開始90周年，保存活用該建築，在此開設神戶市水科學博物館。館內設有3D劇場、圖書室等。1998年指定為登録有形文化財。
